《安徽农业大学学报》（原名《安徽农学院学报》），是我校主办的面向国内外公开发行的综合性学术刊物，是反映我校教学科研水平的一个重要窗口。主要刊登茶学、作物学、林学、动物科学、动物医学、生物学、园艺、植物保护、食品科学、环境科学和农业工程等相关学科的学术论文、研究报告等。目前已被中国科学引文数据库（CSCD）等几十种国内外数据库及文摘期刊所收录。
本刊是中国期刊方阵双效期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）和中文综合性农业科学类核心期刊（2000、2004、2008版）。现为美国《化学文摘》（CA），美国《剑桥科学文摘：贝塞斯达》（CSA：Bethesda），英国《国际农业与生物科学研究中心：网络版》（CABI），英国《动物学记录》（ZR），日本科学技术社数据库，国际农业文献索引（AGRIS），中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊），中国科学引文数据库（CSCD），中国期刊全文数据库（CJFD），中国核心期刊（遴选）数据库（万方），中国农业核心期刊博览（2006），中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED），中文科技期刊数据库（维普），台湾华艺——思博网（CEPS），中国生物学文献数据库，全国报刊索引数据库，《中国生物学文摘》，《中国学术期刊（英文版）文摘》，《中国园艺文摘》，《中国畜牧兽医文摘》，《中国粮食经济作物文摘》，《中国农业资源环境文摘》，《中国农业文摘——畜牧》，《中国农业文摘——农业工程》，《环境科学文摘》等几十种国内外数据库及文摘期刊所收录。
本刊一贯坚持正确的办刊方针，认真贯彻党的基本路线，全面贯彻国家有关科学技术和出版的政策法令，认真执行“百花齐放，百家争鸣”和“科学技术工作必须面向经济建设”的方针，认真执行办刊宗旨，并能够在办刊过程中加以体现。没有出现过政治错误，也没有出现过泄漏机密等问题。
在校党委、校行政的正确领导下，在全校广大师生的大力支持和学报编辑人员的认真努力下，学报工作取得了较好的成绩，学报的学术水平和编辑出版质量逐年提高，受到了教育部、科技部、新闻出版总署、省科技厅、省教育厅和省新闻出版局等部门的表彰。2000年以来本刊获奖如下：
2001年入选中国期刊方阵，为双效期刊。
2002年获第三届华东地区优秀期刊奖和安徽省优秀科技期刊二等奖。
2004年获全国高校优秀科技期刊一等奖和安徽省高等学校优秀学报一等奖。
2005年获安徽省优秀科技期刊一等奖。
2006年获首届全国高校优秀科技期刊奖。
2008年获第2届全国高校优秀科技期刊奖和中国科技论文在线优秀期刊二等奖。
2009年获安徽省高等学校优秀学报一等奖和第四届华东地区优秀期刊奖。
2020年安徽省优秀期刊。
2020中国农业期刊优秀团队。
2010、2014、2016、2018、2020、2022年获中国高校优秀科技期刊奖。