分别利用PCR-琼脂糖凝胶电泳和PCR-RFLP方法对皖南黑猪、皖南花猪、定远猪、安庆六白猪4个安徽地方猪种共213头繁殖母猪进行FSHβ和ESR基因多态性及其与产仔性状的关系进行研究，旨在为安徽地方猪种的标记辅助选择提供科学依据。结果表明：(1）ESR和FSHβ基因在4个地方猪种中都存在多态性，ESR在安庆六白猪、定远猪中出现了AA、AB、BB3种基因型，而在皖南黑猪、皖南花猪中只出现了AA、AB 2种基因型；FSHβ在皖南黑猪、皖南花猪中出现了CC、CD、DD 3种基因型，而在安庆六白猪、定远猪中只出现了CC、CD 2种基因型；(2）不同基因型母猪的TNB、NBA存在一定差异，ESR不同基因型对定远猪和皖南花猪经产母猪的TNB、NBA影响显著（P<0.05）；FSHβ不同基因型对皖南黑猪初产、经产和定远猪经产母猪的TNB、NBA影响显著（P<0.05）。以上结果表明ESR和FSHβ基因不同基因型对部分安徽地方猪的产仔性状有着一定的影响，可作为其标记辅助选择的潜在遗传标记。